Latvijas dabas ūdeņu ekoloģisko kvalitāti ietekmē ne tikai pašas valsts saimnieciskā darbība un radītais piesārņojums, bet arī citu valstu radītais pārrobežu piesārņojums. Latvija atrodas vairāku lielu upju lejtecēs, tādēļ Baltijas jūras, Rīgas jūras līča un upju ūdeņu kvalitāti būtiski ietekmē Latvijā un upju augšteču baseinos radītais pārrobežu piesārņojums.
Latvijas lielāko upju, it īpaši Daugavas, Lielupes un Ventas baseinā, būtiska ir pārrobežu piesārņojuma ietekme, jo tās saņem ūdeņus no kaimiņvalstīm. Pārrobežu piesārņojums Daugavā nonāk no Baltkrievijas un Krievijas, bet Ventā un Lielupē - no Lietuvas. Minēts, ka no Latvijas upju kopējās gada noteces tikai 44% veidojas Latvijas teritorijā, bet 56% nāk no Lietuvas, Baltkrievijas un Krievijas kopā ar šo valstu tautsaimniecībā radīto piesārņojumu. Tas rada tiešus draudus iedzīvotāju veselībai, piemēram, lielu rūpniecisko avāriju gadījumos (Ziņojums par direktīvas 2000/60/EK izpildi "Upju baseinu apgabalu raksturojums. Antropogēno slodžu uz pazemes un virszemes ūdeņiem vērtējums. Ekonomiskā analīze, 2005). Šobrīd 8 upes (22 ūdensobjekti) - Venta, Tērvete, Svēte, Platone, Sesava, Sidrabe, Mūsa un Daugava - ir atzītas par riska objektiem pārrobežu piesārņojuma dēļ (Piesārņojums ar nitrātiem, 2003).
Tā kā Lielupes sateces baseinam piederošā Platones upes teritorija aizsākas Lietuvas teritorijā, tad pēc 2001. gadā izstrādātā kopējā Latvijas- Lietuvas Lielupes apsaimniekošanas plāna, arī uz Platones upi attiecas pārrobežu pārneses piesārņojuma monitorings. Aptuveni aprēķini rāda galveno tendenci, ka pārrobežu piesārņojums no Lietuvas puses sastāda līdz 50 % no tā kopējā slāpekļa un fosfora daudzuma, kurš pa Lielupi ieplūst Rīgas līcī (Lielupes baseina raksturojums, 2003).
Virszemes ūdensobjektu ekoloģiskās kvalitātes pētījumiem ir būtiska nozīme upes ekoloģiskā stāvokļa novērtēšanā, ūdensobjekta ekosistēmas bioloģiskās daudzveidības pētījumos, iekšējo ūdeņu monitoringa novērtējumos, hidroekosistēmā pieaugošās iespējamās eitrofikācijas seku novēršanā, kā arī ūdensobjekta turpmākās attīstības prognozēšanā.
Saistībā ar Eiropas Parlamenta un Padomes Direktīvas 2000/60/EK ar ko izveido sistēmu Kopienas rīcībai ūdens resursu politikas jomā ieviešanas plāniem (turpmāk Ūdens struktūrdirektīva), Latvijā pastāv noteikums, ka līdz 2009.gadam ir jābūt izstrādātiem ūdens pārvaldības plāniem (rīcības programmām kvalitātes uzlabošanai) tiem ūdensobjektiem, kuru ekoloģiskā kvalitāte ir vidēja, slikta vai pat ļoti slikta, un līdz 2015. gadam jāsasniedz vismaz labu ūdens vides ekoloģisko kvalitāti visos Eiropas Savienības dalībvalstu izdalītajos dabiskajos ūdensobjektos (Ūdens struktūrdirektīva 2000/60/EC) tai skaitā arī mazajās upēs, kas kopumā veido lielo upju sateces baseina kopējo ekoloģisko stāvokli. …
