Jānis Čakste ir dzimis 1859.gada 14.septembrī Jelgavas apriņķa Lielsesavas pagasta Čakstēs. Viņa vectēvs sākotnēji saņēma uzvārdu Zirnis, bet vēlāk tika saukts māju vārdā, kas vēlāk arī ierakstīts dokumentos. Čakstes vecāki rentēja Bērsteles muižu, kā arī pārvaldīja vējdzirnavas un ķieģeļu cepli, bet vēlāk iepirka Vecsvirlaukas (vēlāk Salgales) pagasta Aučus. Pirmo izglītību Čakste ieguva mājskolotājas vadībā. Izglītību viņš turpināja Jelgavas Sv.Annas elementārskolā, pēc tam (~1875.gadā) iestājās Jelgavas ģimnāzijā. Aptuveni 60% no ģimnāzijas audzēkņiem bija vācieši. Latvieši sāka rīkot tā sauktos skolēnu vakarus, kuros tika noturēti dažādi priekšlasījumi. Vakaru noturēšanai Čakste bija atvēlējis savu dzīvokli. Arī viņš pats uzstājās ar dažādiem referātiem. Ģimnāziju viņš pabeidza 1882.gada pavasarī un rudenī iestājās Maskavas universitātes juridiskajā fakultātē. Maskavā Čakste iepazinās ar Krišjāni Valdemāru, kura vadībā iesaistījās sabiedriskajā dzīvē.
Pēc Čakstes ierosmes 1883.gada 31.oktobrī tika nodibināta Maskavas latvju studentu biedrība, no kuras vēlāk izveidojās studentu biedrība Austrums un korporācija Fraternitas Moscoviensis. Visu savu studiju laiku viņš ieņēma tās priekšsēdētāja amatu.
Studiju laikā Čakste pētnieciskos nolūkos pievērsās Kurzemes un Zemgales hercogistes kolonijām, sevišķi Tobāgo. Universitāti Čakste beidza 1886.gadā, aizstāvot diplomdarbu par romiešu tiesībām.…
