Lai arī institūcijas nosaukums liek domāt, ka tiek runāts tikai par ministriem, šī institūcija ietver sevī dažādas konfigurācijas, kur katrs orgāns darbojas savā politikas laukā. Tāpat kā vairums pārējās Eiropas Savienības institūcijas, arī Padomes struktūra ir veidota pēc hierarhijas principa. Padomes sastāvu veido ministri, Patstāvīgo pārstāvju komiteja (Coreper), liels skaits palīgu, kā arī ģenerālsekretariāts.
Padomi ir veidota no katras Eiropas Savienības dalībvalsts ministriem un to vada tās valsts pārstāvis, kurai dotajā brīdī ir uzticēta prezidentūra Kopā ar Ģenerālsekretariātu.
Eiropas Ministru Padome ir viena no retajām institūcijām, kurai nav prezidenta, tā tradicionālajā nozīmē. Prezidenta loma tiek mainīta ik pēc sešiem mēnešiem, pēc rotācijas principa. Katru pus gadu Eiropas Savienības prezidējošā valsts ir cita, šobrīd tā ir Zviedrija, savukārt nākamā, kas savu prezidentūru sāks nākamā gada janvārī, būs Spānija.
Ģenerālsekretariāts darbojas pastāvīgi un tā uzdevums ir organizēt Prezidentūras darbu. Šis orgāns patiesībā ir salīdzinoši mazs un šķietami politiski neitrāls. To veido starptautiskie valsts ierēdņi, kuri ir izturējuši konkurenci un ieguvuši šo amatu. Ģenerālsekretariātu vada galvenais sekretārs, kurš savu amatu apvieno ar Kopējās drošības un ārpolitikas galvenā pārstāvja amatu. …
