Zemes lietojuma veidi:
Ja Rūjas augšteci raksturo plaši meži ar atsevišķiem nelielu pļavu fragmentiem, tad lejtecē upes krastos plešas plašas palienu pļavas. Īpaši nozīmīgas palienes atrodas Rūjas lejtecē zivju dīķu rajonā un Rūjas palienes posms nedaudz zemāk līdz ietekai Burtnieka ezerā. Šajā teritorijā ir izveidotas īpaši aizsargājamas dabas teritorijas, kas iekļautas „Natura 2000” tīklā (dabas liegumi „Rūjas paliene” un „Vidusburtnieks”). Rūjas lejtecei ir raksturīgas vecupju sistēmas. Rūjas palienē iesniedzas Lielruļļu – Aurupītes purvs. Virs Rūjienas upes ieleja ir pārpurvojusies – te izveidojies Rūjas purvs. Lejteces posmā Rūjas kreisajā krastā ir ierīkoti zivju dīķi, kas pašlaik lielākajā daļā teritorijas netiek apsaimniekoti. Tie aizaug ar niedrēm un krūmiem. No vienas puses tas ir slikti, jo savulaik šie zivju dīķi bija nozīmīgi gan caurceļojošajiem, gan ligzdojošajiem ūdensputniem. No otras puses – varbūt arī labi, jo nereti arī šī lielā dīķsaimniecība tika vainota ne vien Rūjas, bet arī Burtnieka un Salacas piesārņošanā ar biogēnajiem elementiem, kā sekas jūtamas vēl šodien – aizaug gan ezers, gan upes.
Pļavas Rūjas labajā krastā pirms Burtnieka ezera pazemināšanas regulāri applūda līdz pat Košķeles drumlinam. Mūsdienās gan vairs tik vērienīgi plūdi nav bijuši, kas ir gan kā sekas Burtnieka līmeņa pazemināšanai, gan arī liela mēroga meliorācijas darbiem pašās pļāvās Burtnieka un Rūjas palu ūdeņu ātrākai novadīšanai un augsnes virskārtas nosusināšanai. Arī pati upe pagājušajā gadsimtā ir padziļināta un taisnota, pārrokot tās dabīgos līkumus. Tomēr lielākajā tecējuma daļā upe ir maz izmainīta, vienīgi vērienīgie abu HES (Ķoņu HES un Imantas (Jeru) HES) veidotie uzpludinājumi padara Rūju līdzīgu lielam dīķim.
…
