-
Biosistēmu modelēšanas pamati
Prezentācija19 Anatomija, veselība, medicīna, higiēna, Bioloģija, Datori, elektronika, programmēšana
| Nr. | Sadaļas nosaukums | Lpp. |
| Ievads | 3 | |
| 1. | Pathway Hunter Tool | 4 |
| 1.1. | Arhitektūra | 4 |
| 1.2. | Metodes | 6 |
| 2. | Algoritms | 8 |
| 2.1. | Metabolītu kartēšanas vērtēšanas funkcijas definīcija | 8 |
| 2.2. | Lokālie kartēšanas metabolīti reakcijās | 8 |
| 2.3. | Divu metabolītu īsākais ceļš | 9 |
| 2.4. | Algoritma sarežģītība | 10 |
| 2.5. | Programmas opcijas | 11 |
| 2.6. | Lietotāja definēti ierobežojumi | 12 |
| 3. | Izvades formāti | 13 |
| 4. | Darbs ar PHT | 14 |
| Secinājumi | 18 | |
| Literatūras saraksts | 19 |
SECINĀJUMI
Pildot šo darbu secinu, ka Pathway Hunter Tool (PHT) ir ātrs, spēcīgs un lietotājiem draudzīgs rīks, lai analizētu īsākos ceļus metabolisma ceļiem. Lietotājs var veikt īsāko ceļu analīzi vienam vai vairākiem organismiem vai var veidot virtuālos organismus (tīkli) izmantojot enzīmus. Izmantojot PHT, lietotājs ar arī aprēķināt vidējo īsāko ceļu, vidējo alternatīvo ceļu un top 10 mezglus metabolisma tīklā.
Izmēģinot pati šo rīku tā mājas lapā ar dotajām instrukcijām secinu, ka lietotājs bez zināšanām nav spējīgs ko šādu lietot. Jābūt kaut pamata zināšanām bioinformātikā. Ja šīs zināšanas lietotājam ir, tad ir iespējams atrast un veikt detalizētu izpēti interesējošajā tēmā.
Tā kā jau esmu rakstījusi referātu iepriekš līdzīgā tēmā, tad šoreiz darbs ritējā ātrāk un specifiskās valodas tulkošana arī sagādāja mazāk problēmu. Protams, dažus terminus kā iepriekš nav iespējams pārtulkot un tos ir jāatstāj oriģinālvalodā – angļu valodā. Veicot darbu esmu guvusi iesācēja zināšanas par Pathway Hunter Tool, to darbības principiem, lietotāja iespējām un daudzām citām lietām.
…
Pathway Hunter Tool „Omics” laikmetā vairāk un vairāk sistēmas tiek izstrādātas, kuras ir balstītas uz bioloģisko funkciju pieeju. Metabolomu analīze un metabolomika iegūst nozīmīgumu, jo tie mums palīdz saprast organismu pamata šūnu tīklu sarežģītību. Viens veids kā iegūt labāku izpratni par sekvencētiem genomiem ir analizēt pamata metabolisko tīklu un tā topoloģiju dažādos genomos. Vairākas datu bāzes sniedz informāciju par metabolisma ceļiem. Par pamata datu bāzi analīzē izmanto KEGG, neskaitot Brenda un PROSITE. Metabolisma ceļu globālais skats un atsevišķu metabolītu ieguldījums un izmantošana šajos ceļos ir ļoti pamācoši. Īsāko ceļu analīze ir viena no visvairāk visaptverošākajām metodēm, lai analizētu diagrammu (metabolisma ceļi) dažādos līmeņos (reakcijas) saistībā ar lokālo un globālo savienojamību starp metabolītiem. Ar Pathway Hunter Tool (PHT) ir arī iespējams aprēķināt statistisko informāciju no topoloģijas, kas rodas molekulu mijiedarbībā, lai attēlotu savienojumu būtību.
