Jēkabam būtu vajadzīgs lielāks karaspēks, bet Kurzeme militārajā ziņā bija pilnīgi bezspēcīga. Jēkabs visus līdzekļus noguldīja jaunās rūpniecības iestādēs, nedomādams par aizsardzību. Tikai pašā pēdējā brīdī viņš palielināja karaspēkus, uzaicinot muižniekus dot šim nolūkam līdzekļus. Bet muižnieki kavējās izpildīt hercoga aicinājumu. Pilnīgi negaidīti zviedri ielauzās Jelgavā (1658), saņēma gūstā hercogu ar ģimeni un aizveda uz Rīgu pēc tam uz Ivangrorodu. Vēlāk zviedri ieņēma visu Kurzemi. Kurzemē izcēlās tautas karš. Zviedrus izspieda gandrīz no visas Kurzemes. Beidzot 1660.g. zviedri noslēdza ar poļiem Olīvā galīgu mieru. Pēc šī miera līguma Jēkabs atguva brīvību; bet viņam vajadzēja atstāt zviedriem Roņu salu un atzīt Bolderājas un Slokas apgabalu pievienošanu Vidzemei.
Jēkaba Valdīšanas otrā puse.
Atdabūjis brīvību, hercogs atgriezās Kurzemē, kur pie robežām viņu ar lielu godu un prieku, sagaidīja vairāki tūkstoši zemnieku. Bet pa gūsta laiku viss viņa mūža darbs bija izpostīts. Par spīti visam postam Jēkabs ar parasto enerģiju stājās pie Kurzemes dzīves atjaunošanu.
Neraugoties uz Jēkaba neatlaidību un enerģiju, Kurzemes saimnieciskā dzīve vairs nesasniedza pirmskara ziedoša stāvokli.
…
