Izvirzot kvalitātes mērķus ūdensobjektiem un izstrādājot pasākumu programmas, jāņem vērā, ka daļa no šiem ūdeņiem ietilpst aizsargājamās teritorijās. Arī kāda ūdensobjekta daļa var būt aizsargājama. Lai katrā upju baseinu apgabalā apzinātu visas šādas vietas, Ūdens struktūrdirektīva uzdod izveidot aizsargājamo teritoriju reģistru. Tā kā šīs direktīvas izpratnē jēdziens “aizsargājamās teritorijas” ir plašāks nekā to tradicionāli saprotam ar dabas rezervātiem, nacionālajiem parkiem, liegumiem u.tml., reģistrā jāietver šādi teritoriju veidi:
vietas, kur iegūst cilvēku patēriņam paredzēto (dzeramo) ūdeni;
teritorijas, kas izveidotas ekonomiski nozīmīgu ūdens dzīvnieku sugu aizsardzībai;
rekreācijas ūdeņi, arī peldvietas;
teritorijas, kuras ir īpaši jutīgas pret piesārņojuma radīto slodzi, to skaitā īpaši jutīgās teritorijas, uz kurām attiecas paaugstinātas prasības ūdens un augsnes aizsardzībai no lauksaimnieciskas darbības izraisīta piesārņojuma ar nitrātiem (turpmāk – nitrātu jutīgās teritorijas), un īpaši jutīgās teritorijas, uz kurām attiecas paaugstinātas prasības komunālo notekūdeņu attīrīšanai (turpmāk – notekūdeņu jutīgās teritorijas);
īpaši aizsargājamās dabas teritorijas, kurās ūdeņu stāvokļa uzturēšana vai uzlabošana ir būtisks to aizsardzības priekšnoteikums (1.). …
