1231.gadā pāvests nodibināja inkvizīciju- speciālu organizāciju, kas meklēja un sodīja ķecerus- cilvēkus, kas nepiekrita katolicismam. Inkvizīcija arestēja, mocīja un sodīja raganas un ķecerus. 1252.gadā pāvests InoketijsIII atbalstīja spīdzināšanas izmantošanu inkvizīcijas darbībā. Izplatītākais un bargākais soda mērs par nepakļaušanos baznīcai kļuva sadedzināšana uz sārta.
Pastāvēja arī dažādi uzskati par inkvizīcijas būtību, tās galveno uzdevumu un inkvizīcijas rašanās cēloņiem. Piemēram, Žozefs de Mestrs uzskatīja, ka inkvizīcija ir gandrīz varens darbs, kura rašanās cēloņi slēpjas kristietības reliģijā un baznīcā. Turpretī XII.gs. franču inkvizītors Bernards Gī uzskatīja, ka inkvizīcijas galvenais uzdevums ir iznīcināt ķecerus. Viņam ir vesela teorija par ķeceru pilnīgu iznīcināšanu: " Inkvizīcijas galvenais uzdevums ir ķeceru iznīcināšana; ķeceri nevar būt iznīcināti, ja nebūs iznīcināti herētiķi; herētiķi nevar būt iznīcināti, ja kopā ar viņiem nebūs iznīcināti to līdzjūtēji, līdzgaitnieki un aizstāvji."
…
