Mārgareta piedzima 1897.gada 10.maijā Sopronā – pilsētiņā Ungārijas ziemeļos – ebreju ģimenē. Mārgaretai un viņas jaunākajai māsai bija grūta bērnība, kas viņu vecāku neveiksmīgās laulības rezultāts. Mārgaretas tēvs viņu pamudināja pastiprināti pievērsties matemātikai un citām zinātnēm. Pēc vidusskolas beigšanas viņa studēja „Vaci Utcai Gimnazium” Budapeštā, lai arī tajā laikā sievietes izglītību neturpināja. Budapešta atstāja lielu iespaidu uz viņas dzīvi un karjeru. Viņa iepazinās ar ietekmīgu ungāru psihoanalītiķi Sandoru Ferencezī (Sándor Ferenczi), sāka interesēties par neapzināto un lasīt Zigismundu Freidu.[1]
1916.gada septembrī Mālere sāka studēt mākslas vēsturi Budapeštas universitātē, bet janvārī pārgāja uz medicīnas skolu. Pēc trīs semestriem viņa sāka medicīnas apmācības Minhenes universitātē, bet neiecietīgās attieksmes pret ebrejiem dēļ bija spiesta pamest mācības. 1920.gada pavasarī viņa pārgāja uz Jēnas universitāti, kurā sāka apjaust, cik svarīga ir mīlestības un rotaļu loma zīdaiņu attīstībā, lai tie varētu izaugt fiziski un psihiski veseli…
